吴应熊率领三万新禁军到了南京，骑马自三山门环城向东，拜谒孝陵和懿文太子陵，随后经朝阳门入东华门，谒奉先殿，出西华门，以南京内守备府为行宫，在武英殿处理政务，入了南京的紫禁城。
南京的紫禁城原来壮丽巍峨，在明朝一点也不比北京的紫禁城差，当年朱元璋做皇帝，命刘基卜地作新宫，最终选定以紫金山的富贵山为靠山，填平了部分燕雀湖建造皇宫，发军民工匠多达二十万人，前后历时二十余年，南京皇宫占地面积超过百万平方米，是中世纪世界上最大的宫殿建筑群，被称为“世界第一宫殿”，北京故宫只是仿照南京故宫而建。后来建文帝时期宫中大火，烧毁了不少建筑，福王朱由崧到了南京监国，修复了部分皇宫建筑。
此时的南京城，也是热闹非凡，江南贡院士子如云，六朝四百八十寺都还在，大小酒楼有六七百座，茶社千余处；秦淮河十里珠帘繁华似水，绿柳如烟轻拂金粉楼台，画船箫鼓昼夜不绝。城里城外，琳宫梵宇，碧瓦朱甍，士工农商人口过百万，可以说是江南第一大名城。
吴应熊到了南京，北京的圣旨很快就到了：丞相吴应熊平定山东之乱有大功，摄政南京，整个南方的军政都归吴应熊全权节制，吴应熊成为名义上的“江南王”！
此时，重伤的吴三桂已经苏醒，带了一半关宁军回北京养伤。这道圣旨，就是吴三桂和诸王让明帝朱慈烺下的，因为北京此时有何承志带的三万新禁军，北方有关宁军等镇守，没有太大问题，主要是南方需要一个强有力的人物来安邦定国，此时负责南方事务的兵部尚书、督师史可法控制不住局势，江南人心涣散，吴应熊只好亲自渡江来南京主政。
此时南方人心浮动，各方利益都错综复杂。史可法作为文官出身的兵部尚书，对朝廷忠心是忠心，但他调动不了武将，比如他原本派刘泽清到淮安、扬州驻守，但是刘泽清看山东大顺军主力撤退，就率大军回了山东作乱。
史可法又派高杰防守扬州，说好了是驻军城外，高杰却坚决要带兵进入城内，扬州官员和老百姓害怕高杰的军士作乱，就紧闭城门，不让他们进城。高杰竟然下令攻城，攻城攻不下就天天抢劫扬州城外乡村中的妇女，当地百姓更加厌恶他。扬州知府马鸣录、推官汤来贺率军民顽强地防守了一个多月，最后史可法无奈，把瓜洲给了高杰，他才停止攻城。
史可法担心高杰蛮横无理，难以制服，让黄得功驻军仪真，暗中牵制高杰的势力，结果高杰和黄得功却打起来了——当时登莱总兵黄蜚即将前去上任，黄得功率领三百名骑兵从扬州出发到高邮迎接他，高杰的副将胡茂桢飞马向高杰做了汇报。高杰一向忌恨黄得功，又怀疑他要算计自己，于是在途中埋伏了精兵阻击他们，还派人暗中去攻打仪真，黄得功的士兵损伤得比较严重，与他一同前往高邮的三百骑兵都战死了。
文臣方面，南方官员也都不买史可法的账，旧党争不断，东林党人与马士英、阮大铖之间的矛盾不断深化，姜曰广、高弘图、刘宗周等勤政爱民的好官都要辞官。
加上福王朱由崧不安分，暗中勾结朝臣，史可法碍于大明皇室的威严，不敢干涉，他对各方都感到力不从心，难以控制，吴应熊来到南京，史可法如释重负，当面请求统帅军队，外出镇守淮安、扬州两地，说：“丞相少年英雄，收复京师，功高盖世，天下皆服。可法自愧才能不足，有负朝廷重托，深感惭愧，请调外出为朝廷镇守一方。”
“咳咳。”吴应熊咳嗽了一声，他早听说史可法的大名，知道史可法因祖上的功劳得以世袭锦衣卫百户，传说史可法的母亲梦见文天祥来到他的屋里而受孕怀胎，早年以孝闻名于乡，师从赫赫有名的左光斗，第一次见他，史可法长得果然一身正气不怕南方没暖气：身长七尺，浓眉大眼，胡须浓黑，神明英发，笑道：“史公过谦了，你只是玩不过刘良佐和高杰那些流氓罢了。还有东林党那些人，也不是善类，要制服他们这些人，督师还缺一样东西。”
史可法道：“久闻丞相乃是少年英雄，还请不吝赐教。”
“督师还缺一个‘狠’字。”吴应熊说：“既然督师想外出驻军，眼下倒是有一个地方正适合你去，我父王刚离开山东，你就去督守山东吧，那是重地，靠近京师，责任重大，需要劳你大才。江南你就放心交给我了，我来重新收拾旧山河。”
福王朱由崧没想到刘泽清兵败那么快，听说吴应熊率三万禁卫军到了南京，他一狠心，决心杀了刘泽清的心腹李化鲸。那天，福王将李化鲸约到密室，假意问道：“现在刘帅被诛杀，我等怎么办？你不会去告发我吧？”李化鲸也摇头叹气，道：“没想到朝廷的禁军如此厉害，我们只有徐徐图之，王爷放心，小人今后惟王爷马首是瞻。”
而此时，大顺朝内部也在勾心斗角。多尔衮的八旗军一路势如破竹，闯王李自成沿山西向陕西而逃，多尔衮和多铎分头追赶，大顺军大败。自回到陕西以后，丞相牛金星已与军师宋献策意见大了，因羞成怒，与宋献策结下不解之仇，便有意除去宋献策，好拔去眼中的钉刺。
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