李云崖也不着急，爱搭不理的，打算等过完年再动手。
辽东方面，朱由检询问了他的意见之后，还是派了孙承宗去，有他坐镇宁锦一代，已经元气大伤的皇太极年之内都打不过来，孙承宗年底就启程赶往辽东，李云崖亲自去送行，特地从中研院调来一位医生，专门负责孙承宗的饮食起居，日常养生，老头过完年就六十八岁了，在这时代算是很高寿了，在外面领军，辽东又是苦寒之地，说不定哪天有个头疼脑热就起不来了。
李云崖当着孙承宗的面告诉那大夫：“从今年开始，只要孙先生健健康康地活一年，我就给你二百两银子，他生一次病，扣掉十两，大病扣掉五十两，全部扣完就把你调回来我再派别人。”
孙承宗听完十分感激，但也有些哭笑不得：“我这身子骨还算硬朗……”
“哎。”李云崖摆手，“我们中研院里的几位院士都是这个待遇，孙先生跟他们一样，都是国宝级别的，你们是大明的宝贝，都好好保护起来，如非迫不得已，我一定不让皇上派你去辽东。好在现在建奴也元气大伤，这回入寇也抢了不少东西，短时间应该不会再犯边，孙先生也能轻省些，等我把京营的事忙出头绪就去辽东看望孙先生。”
孙承宗是个比较随和的人：“国师若真为我着想，不如把你们那火炮调拨辽东一些……”
“等夏天的，我带上火炮，还有那迫击炮，掌心|雷，都给你带点。”李云崖又告诉负孙承宗的管家，“我给你们带来的这辆车东西，有羊毛毡子，有大毛毯，有军大衣，还有火炉，到了那边给孙先生房间装修起来，千万注意避寒保暖。”
目送孙承宗在纷飞的大雪之中渐渐远去，李云崖心里很不舒服，大明朝最终还是要靠这样一位本该颐养天年的老人去戍边，可见是年轻人不争气啊！
转过年来，李云崖开始正式整顿京营，明朝京营在朱元璋建国时候有四十八卫，共二十多万人，后来明成祖朱棣迁都北京，增加到七十二卫，这时候的京营战斗力相当强悍，打仗的时候，以京营为主，地方军为辅，朱棣屡次暴揍蒙古，就是以他们为主力。
明英宗时期，发生了土木堡之变，几十万大军土崩瓦解，死伤狼藉，于谦保留三大营的同时，挑选精锐重新组建十营团。到了成化年间，十营团开始腐败，变得孱弱，于是从十营团里挑出精锐，组成十二营团。到了正德年间，十二营团也不行了，朱厚照下令掉边军入卫，设立东西官厅。嘉靖年间，又把前面的裁撤掉，重新恢复三大营……
如今到了崇祯朝，京营账面上的军队数量有十几万，但实际上，军户大量逃亡，一个本该有五百人的官手下只有二三十人，在这不到三十人当中，又有大大小小的军官……官比兵多，而且大多数都是老弱病残，缺少衣甲兵器，一年不曾训练的都是常事，还被克扣军饷，兵部积欠半年，好容易发下来被军官截留，下边就要积欠一年，甚至更多。
这种军队，已经彻底打不了仗了。二月二龙抬头，李云崖带着五千青龙军唱着精忠报国的军歌来到京营，把这里的军官上到总兵，下到把总全都叫到一起，先清查账务、军库，钱粮军械全都大量亏空，又让他们把士兵拉出来，结果稀稀拉拉只有不到三万老弱病残，原本还有点青壮的，不过这两年被李云崖先后挑走了六千多，后来又在保卫战时死了不少，现在只剩下这些了。
李云崖下令把当官的都绑了，有名有姓的，共一千七百六十二人，全部押往兵部，并亲手写了一个折子，这是他来到大明朝之后写的第一封奏折，用钢笔写的，他不会写毛笔字，但钢笔字还是很灵秀的，满满地写了十折纸，密密麻麻，详细列了京营现在的情况，并讲了自己在大方向上要如何改革，写完之后，不经过内阁，派人直接送进宫里。
朱由检看完了大发雷霆，他原以为京营已经很烂了，没想到事实情况比自己事先想的更烂！他把兵部尚书叫过来，狠狠地批评了一顿，让他一定要从严、从重处罚！
这次被建奴打到家门口，几乎要攻破北京城把自己捉住当俘虏，对壮志勃勃的朱由检来说简直是奇耻大辱！他做梦都想李云崖给他练出一支像青龙军那样的军队，三千人就敢力抗建奴一万骑兵！不需要多，只要李云崖给他练出三万这样的军队，就能横扫建奴，平定辽东，收服沈阳，把当年因为萨尔浒战败丢掉的土地拿回来！
一想到这些，朱由检就很兴奋，他写回信告诉李云崖，除了银子之外，你要什么我就给什么，你说用谁就用谁，你说废谁就废谁，不管你用什么办法，一定要把兵给我炼成了！
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